비유전성 고형암 NGS 패널검사_TMB (Tumor Mutation Burden)_종양 변이 부담

면역 항암 치료를 하다보면 비유전성 고형암 NGS 패널검사 (TMB/MSI)를 받게 되는 경우가 있다. 검사 결과를 받아보는 본인이나 가족 입장에서는 도대체 어떤 검사인지 알 수가 없어, 여러 사이트를 헤메며 카페 같은 곳에 질문을 남기고 전문가인지 알 수 없는 분들의 답글에 의지하는 경우가 종종 있다. TMB (Tumor Mutation Burden)이 도대체 어떤 것인지 알아보고자 한다.

 

비유전성 고형암 NGS 패널_검사 정보

: 비유전성 고형암 NGS 패널 검사(TMB/MSI)는 환자의 고형암 조직을 이용하여, 표적 치료제 사용을 위한 유전적 돌연변이(Driver Mutation)을 찾아내고, 면역항암제 사용을 위한 지표(TMB, MSI)를 NGS 검사 방법을 이용하여 확인하는 검사

 

• 검사명 [KR] : 비유전성 고형암 NGS 패널 검사 (TMB/MSI)
• 검사명 [EN] : Somatic Cancer NGS panel test (TMB/MSI)
• 검사기관 : GC녹십자의료재단
• 공급기관 : GC녹십자지놈
• 검체 : Tissue
• 검채용기 : 멸균용기
• 검체안정성 : 실온/냉동
• 보험여부 : 선별급여
• 검사방법 : NGS
• 유전자 수 : 425개 유전자
• 결과 제공일 : 월~금, 21일
• 검사 소요일 : 월~금, 14일
• 필수 서류 : 유전자검사동의서, 분자유전학검사 의뢰서 G암
• 임상적 의의 : 위암, 폐암, 대장암, 유방암, 난소암, 흑색종, 위장관 기질종양, 뇌 척수의 악성종양, 소아 신경모세포종, 원발불명암 등 악성 고형암의 치료 및 치료방침 결정을 위한 검사이다. 암 조직 및 FFPE 검체에서 DNA 및 RNA를 추출하여500여개 유전자의 돌연변이 정보를 분석하고, SNV, samll indel, copy number variant, fusion을 검출할 수 있으며 추가적으로 TMB socre와 MSI status를 보고한다. 단, 결과보고서 tier 1 및 tier 2에 해당하는 변이만 보고하며 tier 3 및 tier 4는 보고하지 않는다.
• 주의사항 : ①Unstin slide : 직경 1.0cm 이상, slide 한 장에 2절편 (8 pieces) ②Tissue (생검조직) : 0.3cm x 0.3cm (2 piece) ③Needle biopsy: Unstain slide의 경우 10㎛ 두께 10장 (20 pieces) & H&E slide 1장 ④Slide에 병변부위 표시 ⑤Tumor proportion 30% 이상의 경우 의뢰 가능

 

TMB (Tumor Mutation Burden)

• TMB란 암세포 돌연변이가 얼마나 되는지 분석하는 것을 말한다.
• 돌연변이가 많아지면 정상 세포와 비교해 오직 암에서만 발견할 수 있는 새로운 항원도 더 많이 만들어진다.
• 이에 따른 면역원성도 높아져 면역항암제에 대한 반응도 증가한다고 알려져 있다.

 

결과지 

 

** Result of Next Generation Sequencing-based Gene Panel Test **

 

[Test Name] NGS기반 유전자패널검사 (고형암), Level II

[Methods] Oncomine comprehensive cancer panel Plus

[Specimen site/type] Lung/Biopsy/FFPE tissue

[Pathological diagnosis] Non-Small Cell Lung Cancer

[Tumor cellularity] 40%

[Specimen adequacy] Adequate

[Quality control (QC) parameters]

Mapped Reads: 18,824,453

On Target: 95.25%

Mean Depth: 1,431

Uniformity: 94.31%

[Related pathology ID] S23-14274 X1A

 

[Results]

Variants found (Tier 1 or 2 - clinically actionable alteration)

*SNV/Indel

==================

Tier I       Gene      AA         Nucleotide        TD/VC/VAF         Note

==================

IA       EGFR       p.Leu858Arg     c.2573T>G      1986/603/30.36%        #1

==================

Tier II       Gene 

==================

IIC         BRIP1

==================

* AA, amino acid chage; TD, total depth; VC, variant call; VAF, varinat allele frequency

 

NOTE:

<Global Clinical Trial >

 

*CNV

==================

Tier           Gene        CNV         Copy No.(90% CI)         Staus              Note

==================

IIC            CCNE1      6.2           (4.94? 7.66)           Amplification      #1

--------------------------------

IIC            MDM2        8.2           (6.66 ? 9.98)         Amplification     #1

==================

 

* 본 결과는 종양이 아닌 세포가 섞여 있기 때문에 CNV 결과를 임상적용 시에는 주위가 필요합니다.

** Deletion 변이가 발견되었으며 Tier IIC에 해당하는 gene은 다음과 같습니다. 첨부된 스캔파일을 참고하십시오.

: CDKN2A, MTAP, PPP2R2A, CDKN2B

*** Deletion 변이 발견되었으나 임상적 의의가 밝혀지지 않은 gene은 다음과 같습니다. 첨부된 스캔파일을 참고하십시오.

: HLA-A, HLA-B, SDHA, ERAP2

 

NOTE

< Global Clinical Tiral>

 

* Fusion

====================

Tier        Gene.A       Breakpoint.A     Gene.B       Breakpoint.B       Read count Note

====================

Not found

====================

 

* Immuno-Oncology biomarker

========================

MSI Status / MSI score / TMB (Mutation /Mb)

-----------------------------------------

MSS / 6.82 / 5.71

----------------------------------------

MSI : Microsatellite instability, TMB: Tumor Mutaion Burden

 

---

임상적 의의

Tier I 만 의의가 있음. 왜냐하면 표적치료제가 있으므로.

Tier IIc는 임상은 있지만 보통 외래에서 표적치료제가 없다는 의미.

TMB가 높으면(10이상) 면역항암제가 효과가 있다고 하는데, EGFR 변이가 있어서 애매한 결과.

BPIP1 유전자 변이가 있다고하는데 BRCA 유전자와 관련된 유전자인데, 유방암에서는 표준항암 임상도 있지만. 폐암에는 는 없는 것으로 앎.

EGFR 엑손 21이 나와서, 렉라자 / 타그리소 모두 표적 치료제 가능